Electroforesis en gel de agarosa

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La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN según su tamaño.
Las muestras de ADN se cargan en pozos (ranuras) en un extremo de un gel y se aplica una corriente eléctrica para arrastrarlas a través del gel.
Los fragmentos tienen carga negativa, por lo que se mueven hacia el electrodo positivo. Puesto que todos los fragmentos de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa, los fragmentos pequeños atraviesan el gel más rápido que los grandes.
Cuando un gel se tiñe con un pigmento que se une al ADN, los fragmentos de ADN pueden verse como bandas, las cuales representan un grupo de fragmentos de ADN del mismo tamaño.

Información sobre el gel de agarosa para electroforesis

La agarosa es un polisacárido formado por galactosas alfa y beta que se extrae de las algas de los géneros Gellidium y Gracillaria. De lo que se trata es de formar una matriz inerte y no tóxica para construir geles que permitan separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada para fijar moléculas a su estructura como anticuerpos, antígenos y enzimas. Igualmente se utiliza para el cultivo celular y microbiología.

Otros usos menos extendidos son la utilización de estos geles como matrices en la reparación de tejidos dañados.
Una vez puestos en materia nos quedamos con la idea principal: separación de moléculas gracias a un entramado que lo permite. Esta separación se produce gracias a la aplicación de un campo eléctrico. Las muestras migrarán de un lado a otro dirigidas por ese campo eléctrico. Así moléculas como los ácidos nucleicos que son de polaridad negativa se dirigirán al ánodo.

Preparación de gel de agarosa para electroforesis

Para la preparación de un gel de agarosa se precisan 4 cosas:

La agarosa en polvo.
Tampón en el que se disuelve la agarosa y que sirve para embeber el gel y transmitir el campo eléctrico.
Fuente de calor o microondas para mezclar y fundir la agarosa en el tampón.
Cubeta y molde para solidificar el gel y sumergirlo en el tampón. La cubeta tiene los bornes para conectar los cables a la fuente de alimentación.

Pasos a seguir

En un matraz, verter la cantidad de tampón para completar el volumen del molde a rellenar con el gel.
Medir la cantidad de agarosa dependiendo de la concentración a la que se quiera obtener el gel. A más concentración, mayor resolución. Por ejemplo, un gel al 2% sería 2 gramos de agarosa en polvo disueltos en 100 ml de tampón. Como podéis comprobar, la concentración se obtienen mediante la relación peso/volumen. Sencillo.
Se procede a mezclar la agarosa con el tampón y fusionar los componentes para obtener el gel. Se necesita una fuente de calor como un baño (poco recomendable si se quiere rapidez) a una temperatura que permita fundir la agarosa o un microondas, que permite realizar el proceso más rápidamente. Con la experiencia, es todo un arte dependiendo de las concentraciones y las agarosas. Pero esto es sólo a modo introductorio.
Se enfría el gel para poder verterlo en la cubeta. Siempre hay que acordarse de poner unos límites con cinta para que no se disperse el gel por la mesa y el peine que formará los pocillos. En unos minutos, al enfriarse del todo, se tiene el gel polimerizado.
Por último se introduce en la cubeta que contiene el tampón, a la misma concentración que el que se ha utilizado para generar el gel.

Ya sólo queda cargar las muestras y correr el gel al voltaje predeterminado (generalmente a 10 voltios por cm de gel, pero depende de las muestras, el gel y los protocolos a seguir). Luego se deberá realizar una tinción para poder ver las bandas. Existen varios métodos para la preparación de gel de agarosa para electroforesis y serán limitantes para el posterior visionado, pero eso lo comentaré en otro artículo.

El gel final se puede fotografiar y guardar la imagen. Incluso se pueden extraer bandas de interés para un posterior análisis, como podéis ver en la imagen que he tomado estos días donde estuve cortando unas banditas.